Hlavním úkolem praporu je zabezpečení dozorčí a strážní služby, příprava k obraně základny a také plnění specifických úkolů ochrany proti zbraním hromadného ničení a chemického zabezpečení a v neposlední řadě i plnění úkolů souvisejících s požární ochranou.

Prapor bojového zabezpečení se skládá ze strážní roty, čety chemické ochrany a vojenské hasičské jednotky.